Ну, Vifm здесь особо не при чём. Bash открывает текущий каталог и работает с ним даже после перемещения (не по пути, а по inode, который не меняется). С mv
будет аналогично:
$ mkdir old
$ cd old
$ mv ../old ../new
$ pwd
.../old
$ cd .
$ pwd
.../new
Возможно, стоило бы при удалении перемещать файлы, а каталоги создавать новые? Или будет долго?
Пересоздавать дерево при удалении будет заметно медленее (пропорционально глубине дерева и количеству файлов) и может терять часть атрибутов каталогов. Не уверен, что это оправдано.